A peptidek használata során gyakran találkozunk a peptid tisztaság és peptidtartalom mutatóival. Sokan csodálkozhatnak azon, hogy a peptid tisztasága miért 95%, de a peptidtartalom csak 80%. Ez azért van, mert ez két teljesen különböző fogalom.
Peptidtisztaság: A peptid tisztasága a 214 nm-en (214 nm a peptidlánc abszorpciós hullámhossza) kimutatott célpeptid mennyiségére vonatkozik, HPLC-analízissel.
Peptidtartalom: Ez a peptidek százalékos arányára vonatkozik a mintában a nem{0}}peptid anyagokhoz viszonyítva.
A peptid tisztasága a HPLC-vel 214 nm-en (214 nm a peptidlánc abszorpciós hullámhossza) kimutatott célpeptid tartalmára vonatkozik. A célpeptid mellett a HPLC képes kimutatni a szennyeződéseket, többek között: törölt szekvenciákat (a célszekvenciákból hiányzik egy vagy több aminosav), csonkolt szekvenciákat (a védelem során keletkezett szekvenciákat) és a nem teljesen védőcsoportokat (amelyek a szintézis folyamatát vagy a végső hasítási folyamatot eredményezik). A HPLC azonban nem képes kimutatni a vizet és a maradék sókat, például a trifluor-acetátot (TFA) és az acetátot. A peptidszintézis során a peptidszekvencia TFA segítségével lehasad a gyantáról, és a tisztítás során kis mennyiségű TFA is keletkezik. Ezért a peptid szabad amino-terminálisa és más oldalláncai, mint például az Arg, Lys és His, kis mennyiségű TFA-szennyeződést hozhatnak létre. Egy másik probléma a nedvesség. A peptideket általában liofilizálással dehidratálják, de a kovalens kötőképességtől függően még így is különböző mértékben lesz víz. Ezért a szállított peptidek jellemzően TFA-sókat és nyomokban vizet tartalmaznak, amelyek HPLC-vel nem mutathatók ki, így a peptidtartalom és a tisztaság különbségeihez vezet.
